Su nombre era Iñigo López de Loyola, que cambió entre 1537 y 1542 por el de Ignacio «por ser más universal», o «más común a las otras naciones». Según la tradición, fue el último de los ocho hijos varones de Beltrán Ibáñez de Oñaz, señor de Loyola, y Marina Sánchez de Licona.
I. INICIOS
Sobre su fecha de nacimiento oscilaron las opiniones de los contemporáneos. En su epitafio, tras seria deliberación, se fijó su muerte a los 65 años de edad, lo que equivalía a decir que había nacido en 1491. Nada cierto se sabe sobre su primera educación familiar. Su padre debió de fallecer antes de 1506; su madre, poco después de otorgar testamento el 23 octubre 1507. Por estos años, el joven Iñigo se incorporó en Arévalo (Ávila) a la familia del contador mayor [ministro de Hacienda] de los reyes, Juan Velázquez de Cuéllar. Allí pasó unos diez años, en los cuales tuvo ocasión de acompañar al contador durante sus viajes a la corte y otros lugares. Con los libros de su protector pudo adquirir una cierta cultura y perfeccionar su escritura, que le mereció ser considerado «muy buen escribano». Tras la caída en desgracia y sucesiva muerte de Velázquez de Cuéllar en 1517, su viuda, María de Velasco, se preocupó del porvenir de Iñigo y le dio 500 escudos y dos caballos, para poder dirigirse a Navarra y servir como gentilhombre al virrey, Antonio Manrique de Lara, duque de Nájera. Allí dio muestras de hombre «ingenioso y prudente en las cosas del mundo» y de tener «grande y noble ánimo y liberal», como escribió Juan Alfonso Polanco, sobre todo en dos ocasiones: cuando ayudó a la pacificación de algunas villas de Guipúzcoa, divididas por el nombramiento de Cristóbal Vázquez de Acuña como corregidor, y cuando la villa de Nájera se sublevó contra su señor durante la rebelión de las Comunidades (1520-1522).
Tomó parte en la defensa de Pamplona al ser atacada (1521) por el ejército francés. Incitó a sus compañeros de armas a resistir en el castillo, pero fue herido por una bala que le rompió una pierna y le lesionó la otra. Desde Niccolo Orlandini, la tradición ha situado la providencial herida en el 20 mayo 1521, lunes de Pentecostés. La rendición del castillo se produjo el 23 ó 24 del mismo mes. La herida de Iñigo fue grave, como consta por la deposición del alcaide del castillo, Miguel de Berrera. Tras las primeras curas, practicadas por los franceses, fue llevado por sus paisanos a su casa de Loyola, donde sufrió una dolorosa operación, soportada con gran fortaleza. Su estado fue empeorando y el 28 junio fue el día crítico, pero aquella misma noche empezó a mejorar. Una vez repuesto, quiso que le cortasen un hueso de la pierna, que le habría impedido calzarse una bota «muy justa y muy polida» que deseaba llevar.
II. CONVERSIÓN y PEREGRINACIONES (1521-1524)
Durante su convalecencia pidió que le diesen libros de caballerías para entretenerse, pero al no encontrarse en la casa, le dieron a leer la Vida de Cristo por el cartujo Ludolfo de Sajonia, traducida al español por Ambrosio Montesino y publicada en Alcalá hacia 1502 o 1503. También le ofrecieron el Flos Sanctorum de Jacobo de Varazze, en una traducción prologada por el cisterciense Gauberto Maria Vagad. La lectura de estos libros le provocó una lucha interior que le abrió el paso a su conversión, a través de la discreción de espíritus. Se dio cuenta de que, cuando se entretenía en pensamientos mundanos, entre los que dominaban los servicios que podría hacer en favor de una dama innominada, encontraba gusto en ellos, pero después se sentía árido y descontento; mientras que cuando pensaba en imitar a los santos, cuyas vidas estaba leyendo, no sólo se consolaba con estos pensamientos, sino que después de dejados, quedaba contento y alegre. La pregunta que se hacía a sí mismo era: «¿Qué sería si yo hiciese lo que hicieron Santo Domingo y San Francisco? y se proponía: ¿Santo Domingo hizo ésto? Pues yo lo tengo de hacer. ¿San Francisco hizo ésto? Pues yo lo tengo de hacer.» Decidió romper con su vida pasada y empezar una nueva. Su primer propósito fue realizar una peregrinación a Jerusalén. Para imitar a los santos se daría a largas oraciones y penitencias.